前言：
國內(nèi)很多牧場選擇公牛時喜歡設定每個性狀的最低限值，比如要求公牛$NM≥800，產(chǎn)奶量育種值≥1200，生產(chǎn)壽命≥4。這樣做存在很大弊端，假如A公牛$NM指數(shù)813，產(chǎn)奶量育種值1200，生產(chǎn)壽命5.0，B公牛$NM指數(shù)883，產(chǎn)奶量育種值1100，生產(chǎn)壽命7.6，難道B公牛就不能用了嗎？但令人高興的是，國內(nèi)育種理念超前的牧場已開始通過自定義指數(shù)挑選公牛，這篇文章主要介紹在制定自定義指數(shù)時存在的一些誤區(qū)。
育種指數(shù)是根據(jù)奶牛不同性狀的經(jīng)濟價值來確定奶牛總經(jīng)濟價值的方法，選擇正確的經(jīng)濟價值性狀及設定每個性狀的權(quán)重，可以最大限度地提高奶牛遺傳改良的總體經(jīng)濟價值。
如今自定義育種指數(shù)已相對容易，對于大部分育種公司來說也是一種常規(guī)服務，它允許牧場主建立一個適合牧場管理和市場需求的特定指數(shù)，更多地強調(diào)適合牧場需求的最重要性狀，剔除一些對牧場沒有價值的性狀。
那么，自定義指數(shù)是實現(xiàn)更快遺傳進展和群體盈利能力的最好方法嗎？許多牧場主相信——如果選擇的性狀集中在一個或者極少數(shù)性狀上，那么牛群遺傳進展會更快。但是，許多性狀都會影響到牧場的實際盈利能力，自定義指數(shù)可能會忽視相關性狀對遺傳價值的影響，導致高估或低估一些特定性狀的價值。本文主要針對自定義指數(shù)存在的錯誤觀點以及可能產(chǎn)生的后果進行說明。制定自定義指數(shù)時很容易忽略遺傳性狀之間的相關性，隨著時間的推移，這可能對群體遺傳進展產(chǎn)生重大影響。為了說明這一點，在2018年8月出版的$NM修訂版中，用各個性狀之間的相關性和遺傳進展公式創(chuàng)建了一個電子表格，當改變某個性狀的權(quán)重時，電子表格可以預測預期的性狀遺傳進展。假設一個牧場主要關注牛奶中的蛋白質(zhì)，自定義指數(shù)時就可以對蛋白質(zhì)設定一個相當大的權(quán)重，只給乳脂量少許的權(quán)重；同時，這個牧場還重視奶牛的健康性狀，那么就需要集中在女兒懷孕率和生產(chǎn)壽命上。因此，這個牧場的自定義指數(shù)權(quán)重為60%的蛋白質(zhì)、10%的脂肪、20%的生產(chǎn)壽命和10%的女兒懷孕率。這個指數(shù)非常簡單，緊緊地集中在幾個最重要的性狀上面。表1顯示了自定義指數(shù)（$Cust）和$NM指數(shù)各個性狀的權(quán)重、相關性和預期遺傳進展的比較，藍色部分為各個性狀在5年后獲得遺傳進展的優(yōu)勢。
表1中，與$NM相比，自定義指數(shù)在乳蛋白量上將獲得更大的遺傳進展，然而有趣的是，與$NM相比，女兒懷孕率和生產(chǎn)壽命的遺傳進展預計會減少。請記住，自定義指數(shù)在這兩方面都有較高的權(quán)重，這是由于沒有考慮到女兒懷孕率和生產(chǎn)壽命與$NM其它性狀之間的關系。如果不選擇與女兒懷孕率和生產(chǎn)壽命相關的其它性狀，他們的預期遺傳進展就會降低。為證明表1的預期結(jié)果，從2018年8月份開始，比較了目前在群的荷斯坦公牛，分別使用自定義指數(shù)（$Cust）和$NM指數(shù)進行排名，對比每項指數(shù)前25%的公牛各個性狀的育種值；同樣，將兩家大型奶牛場經(jīng)過基因組檢測的母牛集中在一起，也分別使用自定義指數(shù)（$Cust）和$NM指數(shù)進行排名，表2顯示出與表1相同的結(jié)果。(即使$Cust指數(shù)在PL和DPR上的權(quán)重更高，選出的公牛育種值仍然低于$NM)
為了可以進一步了解自定義指數(shù)和$NM指數(shù)在實際牧場中表現(xiàn)，在2017年美國一家牧場對約1500只母牛進行了回顧性分析。使用父母平均值用以計算每頭奶牛的自定義指數(shù)($Cust)和$NM指數(shù)。表3顯示了兩個指標前25%的母牛各個性狀的實際表現(xiàn)和遺傳育種值。很有意思的是，自定義指數(shù)的群體平均產(chǎn)奶時間減少了33天。
當對群體中所有牛群按照四等分進行比較時，兩種選擇指數(shù)與奶牛的平均產(chǎn)奶時間產(chǎn)生了較大的差異，使用$NM指數(shù)與平均產(chǎn)奶時間的線性趨勢更加一致，這表明$NM指數(shù)對奶牛的產(chǎn)奶壽命指向性更好。（圖1）
最后，應該謹慎地處理自定義指數(shù)，一個牧場可以制定一個比通用的育種指數(shù)更能滿足牧場需求的自定義指數(shù)，但是，在制定之后，要明確地了解預期結(jié)果。
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